La carrière de concertiste de Michael Faust a commencé dans sa ville natale de Cologne, en Allemagne, où il était l’élève de Cäcilie Lamerichs. Plus tard, il étudie à Hambourg avec Karlheinz Zöller, flûte solo de la Philharmonie de Berlin, et avec Aurèle Nicolet à Bâle, en Suisse. Michael Faust a remporté des prix lors de prestigieux concours musicaux à Rome, Prague et Bonn. Lauréat du prix Pro Musicis à New York en 1986, il a donné ses premiers concerts dans des centres musicaux tels que Boston, Washington, New York, Paris, Tokyo et Osaka.

Les moments forts de sa carrière solo incluent des performances avec le WDR-Sinfonie Orchestra, le St. Louis Symphony Orchestra à St.Louis et le Hilversum Symphony Orchestra, où il a interprété le concerto pour flûte de Gunther Schuller, avec le Gürzenich-Orchestra Köln sous la direction de Markus Stenz, le NDR-Sinfonie Orchestra ainsi que la Radio-Symphonie de Moscou et l’Orchestre Symphonique de Spokane. Il a joué en tant que soliste dans des salles comme le Concertgebow d’Amsterdam, la Philharmonie de Berlin, la salle Keio de Tokyo, la Philharmonie de Cologne et bien d’autres.

Michael Faust se produit régulièrement aux États-Unis, en Amérique du Sud, au Japon, en Chine et en Europe.
Ses performances sur les cinq continents en tant que soliste, chambriste et musicien d’orchestre lui ont valu des critiques élogieuses et des contrats d’enregistrement sur de nombreux labels.

En 2003, le célèbre compositeur Mauricio Kagel a écrit son unique concerto instrumental pour Michael Faust, qui a joué « Das Konzert » entre autres villes de Duisburg, Düsseldorf, Hambourg et Neubrandenburg et en 2009, il a créé le concerto pour flûte de Peteris Vasks, dédié à lui personnellement.

Ses enregistrements comprennent un disque en duo avec le pianiste Alexander Lonquich, El Cimarrón de H.W. Henze (Koch Recordings), un ensemble de trois CD de musique de Bach à Mozart avec le claveciniste Ilton Wjuniski (GM Recordings), des œuvres pour flûte et orchestre d’Ibert, Bernstein et d’autres avec l’Orchestre Symphonique de la Radio de Cologne (Capriccio Records), des œuvres de chambre d’Elliot Carter (CPO Records) et des œuvres de Schumann, Franck et Prokofjev avec le pianiste Randall Hodgkinson (GM Recordings). Récemment, il a enregistré deux CD avec Patrick Gallois à la tête de l’orchestre symphonique de Jyväskulä en Finlande pour le label Naxos.
Michael Faust a débuté sa carrière orchestrale avec le célèbre Orchestre Santa Cecilia de Rome. Il a ensuite été flûtiste solo à l’Orchestre philharmonique de Hambourg, à l’Orchestre philharmonique de Munich et, actuellement, à l’Orchestre symphonique de la radio de Cologne. Il a joué sous la direction des chefs d’orchestre les plus célèbres, parmi lesquels Sergiu Celibidache, Seiji Ozawa, H.v. Karajan, Claudio Abbado, Daniel Barenboim, C.v. Dohnany, Leonard Slatkin, Hans Vonk, Gunther Schuller et Lorin Maazel, qui l’ont félicité pour son « ton radieux et sa musicalité distincte ».

Michael Faust est également le fondateur du groupe de chambre très acclamé « Ensemble Contrasts », qui a acquis une grande reconnaissance grâce à sa programmation créative et inhabituelle composée principalement de musique du XXe siècle, et du « Zephyr Woodwind Quintet » qu’il a fondé avec ses collègues du WDR Sinfonieorchester de Cologne.

En tant que chambriste et récitaliste, Michael Faust s’est produit au Festival Bach du Nord-Ouest, à la Triennale de Cologne, au Festival Bach de Duren (Allemagne), dans toute l’Europe avec l’Ensemble Contrastes et dans tout le Brésil et la France en récital solo et avec le claveciniste Ilton Wjuniski. À propos de la performance de Michael Faust au Weill Recital Hall, le New York Concert Review a écrit : « Michael Faust déploie ses dons instrumentaux exceptionnels pour répondre aux besoins de la musique actuelle ».

En 2012, il lance le projet « Gargonza Arts Award », qui donne à plusieurs artistes de différentes disciplines la possibilité de participer à des bourses de résidence dans le village-château de Castello di Gargonza et « Le Capanne/Sinalunga » en Toscane et à d’autres projets interdisciplinaires de travail et trouver une nouvelle inspiration.

Actuellement professeur de flûte à la Hochschule de Düsseldorf, Michael Faust donne régulièrement des master classes aux États-Unis, en Amérique du Sud, au Japon, en Chine et en Europe.
Depuis 2019, il voyage à Cuba en tant que soliste et professeur.
Le projet « Teach to Teach » y débutera en 2024, avec lequel il contribuera à l’accompagnement de base des jeunes talents musicaux.