Né à Lille, Philippe Cuper étudie au Conservatoire national supérieur de musique de Paris où il obtient le premier prix de clarinette à l'unanimité et le premier prix de musique de chambre.

Parallèlement, il étudie la musicologie à l'université de Paris-Sorbonne. Ses maîtres pour la clarinette seront Gilbert Voisin, Guy Dangain, Guy Deplus et Henri Druart.

Lauréat de nombreuses récompenses internationales dont Prague (premier prix à l'unanimité), Munich, Genève, le Prix slovaque, la médaille Mravinsky à Saint-Pétersbourg, il devient premier soliste en 1984, puis super-soliste de l'Opéra national de Paris en 2002.

Il est l'invité comme première clarinette solo d'une cinquantaine d'orchestres dont l'Orchestre philharmonique de Berlin sous la direction de Claudio Abbado en 2000, ou de l'Orchestre de la Radio bavaroise, dirigé par Lorin Maazel. Il a travaillé avec tous les orchestres parisiens ainsi qu'avec des ensembles contemporains notamment sous la direction de Boulez, Berio, Constant et a effectué un travail privilégié avec Françaix, Sauguet, Messiaen.

Philippe Cuper a fondé en 1986 l'Octuor à vent de Paris et enseigne au conservatoire national de région de Versailles ou en tant qu'invité de nombreuses écoles internationales comme le New England Conservatory de Boston, le Kunitachi de Tokyo, la Guildhall School de Londres.

Par ailleurs, il a rédigé de nombreux écrits sur son instrument ainsi qu'une discographie de l'Orchestre de l'Opéra de Paris.

Parmi son abondante discographie, citons les concertos de Stamitz, Pokomy, Mozart, Bréval, Weber, Copland, Françaix, Nielsen, Artie Shaw (jazz), les quintettes de Mozart et Brahams, l'intégrale des oeuvres de Cahuzac.

Philippe Cuper a également été nominé aux Victoires de la musique pour sa participation à la musique du film L'Accompagnatrice.