Emmanuelle Ophèle débute ses études musicales à l’École de musique d’Angoulême où elle commence la flûte traversière avec Jean Pierre Chambon. Dès l’âge de treize ans, elle étudie auprès de Patrick Gallois et Ida Ribera, puis avec Michel Debost au CNSMD - Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse - de Paris, où elle obtient un premier Prix de flûte.

En 1987 Emmanuelle Ophèle entre à l’Ensemble Intercontemporain. Attentive au développement du répertoire et à son évolution au sein des terrains d’expression offerts par les nouvelles technologies, elle prend part à de nombreuses créations en France et à l’étranger et travaille avec les compositeurs contemporains les plus modernes tant dans l’écriture que par l’utilisation des techniques les plus récentes : « La Partition du ciel et de l’enfer » pour flûte Midi et piano Midi de Philippe Manoury,Congruences pour flute Midi, hautbois et ensemble de Michael Jarrell, « ...explosante fixe... » pour flûte Midi, deux flûtes et ensemble instrumental de Pierre Boulez enregistré chez Deutsche Grammophon, « Abysses » pour flûte solo et ensemble de Helena Tulve, compositrice estonienne. Elle enregistre également « Le Marteau sans Maître » sous la direction de son compositeur Pierre Boulez.

Elle joue en soliste et en ensemble dans les plus grandes salles, comme le Carnegie Hall, la Philharmonie de Berlin, la Philharmonie de Cologne, la Scala de Milan, l’Opéra de Sydney, le Concertgebouw d’Amsterdam, le KKL de Lucerne.

En 2005 elle fonde le Trio Antara. avec Ghislaine Petit Volta à la harpe et Odile Auboin à l’alto.

Titulaire du Certificat d’Aptitude, elle enseigne actuellement au CRD - Conservatoire à Rayonnement Départemental - de Montreuil-sous-Bois. L’ouverture sur un large répertoire, du baroque au contemporain en passant par le jazz et l’improvisation, est un des axes majeurs de son enseignement. Emmanuelle Ophèle est invitée régulièrement pour son travail de pédagogue dans de nombreux conservatoires et académies tels que Musicalta, Lucerne, Aix en Provence.